Продолжение одноименного сериала, где в параллельном мире науки и магии сверхъестественные способности являются чем-то обыденным и привычным. Тома Камидзё страдает от потери памяти после спасения вселенной. Все жители, обладающие даже самыми незначительными паранормальными способностями, делятся на эсперов и магов. Эсперы наделены сильным даром, а маги хоть и слабее их, но все-таки обладают большими возможностями. Всех эсперов собирают в город Академию – это общий для молодежи центр образования. Как раз там и получает образование Тома. У Камидзё своеобразный дар, он может нейтрализовать любое воздействие как магов, так и богов. Юноша считает себя крайне невезучим и вечно влипающим в различные неприятности. Одной из таких неприятностей Тома считает и свалившуюся на его балкон девушку в одеянии монахини.Когда юная красавица пришла в себя и пообедала, она сказала, что зовут ее Индекс, родилась и выросла в Англии в тайном церковном ордене. Откуда и сбежала. Теперь за ней гонятся не только монахи тайного общества, но и местные авторитетные маги, которые не прочь узнать, какие знания спрятаны в симпатичной головке. Дело в том, что монахи заложили в память девушки огромное количество книг с запрещенными магическими знаниями, сделав из девушки ходячую библиотеку с указателем. Но существует и еще одна проблема, такое количество информации может ее убить без постоянной технической помощи. И теперь Тома вынужден искать пути решения этих проблем.