Люди уже давно покинули Землю, уничтоженную во время войны. События в данном фильме развиваются спустя 12 000 лет после событий первого сезона. На планете Вега наладилась жизнь, и все идет своим чередом, разнообразные технологии скрыты, и создается впечатление, что люди снова вернулись в 20 век. Но эта идиллия длится не долго.На Вегу нападают инопланетные существа с планеты, расположенной в параллельном мире. Они давно уже готовились к нападению. Ежегодно автоматы-Сборщики громадных размеров похищают красивых девушек. Еще со времен прошлой войны у веганов есть машины-Векторы, которые прекрасно борются с простыми Сборщиками, но они абсолютно не могут справиться с воинами – алтейцами, защищающими сборщиков. На защиту Веги идут экипажи боевых роботов, работающие в организации Нео Дива. Один экипаж полностью состоит из мужчин, а второй – из женщин. В момент сражения по необъяснимым причинам все пилоты самолетов «Аквария» теряют контроль над управлением, но помощь приходит с неожиданной стороны.Сирота Сора Амата и Миконо Судузсиро познакомились в кинотеатре. Не желая того, они попали в самый центр конфликта. В пылу сражения в Амате возродились скрытые способности. Оказалось, что он является воплощением Аполонния и Аполло и обладает силой призывать гиганта Аквариона. Юношу принимают в ряды Нео Дивы, и на Веге появляется надежда на победу. Но возникает вопрос, почему на Алтее радуются открытию способностей у Аматы?