«Сумеречный разум: Рождение» поведает зрителю о непростой судьбе братцев Кирихара — младшего Наойи и старшего Наото, от которых ещё во младенчестве отказываются родители из-за сверхчеловеческих способностей, проявившихся у мальчиков. Этих особенных детей размещают в специальной научно-исследовательской лаборатории, откуда сорванцов совсем не выпускают — братья изолированы от общества, потому как их дар несёт разрушение для всего окружающего. Братцы имеют сильную зависимость друг от друга. Старший всегда стремится оградить младшего и взять его под защиту, а он, в свой черёд, может безболезненно для себя контактировать только с ним.Когда проходит пятнадцать лет, юным героям удаётся сбежать из лаборатории, ставшей для них принудительным домом. Братья воспользовались ослабшим силовым барьером, удерживающим их внутри, который ослабел после смерти старины Мисаки. Юношам, обретшим-таки долгожданное освобождение, предстоит период адаптации в мире людей, от которого они были ограждены всю свою жизнь. Вскоре персонажам становится известным, что им отведены ведущие роли в намечающемся «Перевороте»...