Действие продолжается на том месте, где закончилась предыдущая часть аниме-сериала «Стратос 4». Мы снова возвращаемся на базу Шимоджиджима, где встречаемся с уже полюбившимися героями, а также знакомимся с новыми персонажами. Сюда приезжают три новенькие девочки для прохождения обучения, а также возвращается Миказе. Она провалила экзамены в перехватчики, но это ни капельки не испортило ей настроения. Вместе со своими друзьями они продолжают веселиться и защищать родную планету от угрозы в виде метеоритов. Девчонки настроены весьма оптимистично и прошлые поражения абсолютно не портят им настроения. Впереди их ждет много интересного и неисследованного. Кругом плетутся новые интриги, способные захватить в свой круговорот стажеров и уже опытных борцов с метеоритами. По ходу сюжета Миказе находит новых друзей, которые помогут ей разобраться в хитросплетениях повседневной жизни на базе. Различные ситуации, спровоцированные неожиданными поворотами сюжета, раскрывают нам уже известных персонажей с неизвестной стороны, позволяя лучше понять мотивы их действий. Новые персонажи также обладают своей изюминкой, позволяющей им выделяться среди любимых героев и завоёвывать свое место под солнцем.