Сюжет приключенческого аниме-боевика Казухиро Фурухаси «Бродяга Кэнсин: Новая киотская арка» является «киотской частью» манги, где повествуется о сражении странствующего воина Химуры Кенсина с бывшим наёмником Сисио Макото. Японский министр Окубо Тосимити, приостанавливает бой отважного героя с его давним врагом, сообщив ему, что над государством нависает новая опасность в облике объявившегося Макото, намеревающегося низвергнуть действующий аппарат и прибрать в свои руки Японию, подчинив всё под своё управление. После переговоров с Кэнсином Тосимити погибает от рук ассистента Сисио. Тогда Химура один направляется в Киото, планируя помешать предприимчивому агрессору и его приспешникам реализовать их коварные планы. Однако, большая часть друзей двигается следом за персонажем, дабы оказать поддержку в необходимый момент. По пути герою встречается Макимати Мисао — молоденькая девчушка-нинзя из Онивабан-сю — специальной команды телохранителей Сёгуна, от лица этой девочки и ведётся повествование второй части манги. Странствующий воитель получает содействие от Онивабан-сю и решает завершить подготовку у бывшего наставника Хико Сэйдзюро, с каковым он распрощался некоторое время назад. Уже после этого состоится решающая битва Кенсина и Макото.