В центре драматичного аниме-повествования «H2O: Следы на песке» находится Такума Хиросэ — четырнадцатилетний мальчишка, которому на долю выпало пережить горечь утраты — у юного героя трагически погибает мать вскоре после его дня рождения. Из-за пережитого невероятного горя мальчуган почти полностью лишается зрения и впадает в затяжную депрессию. Отец, не зная что предпринять, отсылает убитого горем мальца к брату в горную деревеньку, надеясь, что перемена обстановки благоприятно скажется на состоянии ребёнка и сумеет излечить его душевные раны. Действительно, здоровье Такумы нормализовалось. На новом месте в первый же день мальчик знакомится с загадочной девочкой по имени Огоху, рассказывающую о себе различные странности и называющуюся духом времени. Таинственная незнакомка сообщает озадаченному персонажу, будто он избранный и она многие годы потратила на его поиски. Девчушка предрекает Хиросэ его будущее, где его ожидает множество различных приключений. Самое интересное наступает в момент, когда подросток знакомится с ребятами из класса, в каком ему предстоит обучаться. Парнишка понимает, что жизнь в деревне намного сложнее, чем может показаться изначально, и ему нужно со всеми подружиться. Учащиеся под предводительством школьной «королевы» увлечены травлей Хаями Кохинаты — абсолютно не повинной девчушки. Юный герой проникся симпатией к несчастной, но вскоре ему становится известным, будто к смерти его любимой мамы имеют причастность люди, принадлежащие роду Кохинаты.