Бибоп, Рокстеди и Коготь тигра по поручению Шреддера проникают ночью в Нью-Йоркский музей естественной истории, чтобы похитить древний метеорит, наделенный мощной энергией, но об их злодейских планах вовремя узнают Черепашки-ниндзя, которые ввязываются в драку. Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело задействуют космический кристалл для экспериментального полета на новом черепахо-боте и случайно перемещаются сквозь время и пространство на 100 миллионов лет в прошлое, оказавшись во враждебной эпохе динозавров и ищут способ вернуться назад.