В ходе секретного эксперимента в научном институте Black Mesa, в лаборатории аномальных материалов произошла авария, приведшая к хаотичному образованию порталов на всей территории режимного объекта, откуда стали появляться инопланетные пришельцы из мира Зен, нападающие на персонал. В хаосе и неразберихе доктор Гордон Фримен и охранник Эван Уильям Уолш решают добраться до комплекса Лямбда, чтобы справиться с последствиями каскадного резонанса, параллельно скрываясь от командира морской пехоты Джегара, прибывшего с отрядом зачистки для уничтожения всего живого.