Спустя несколько лет после смерти Майкла Скофилда выясняется, что он на самом деле жив, а также отбывает наказание в тюрьме для особо опасных преступников в Йемене, скрываясь под именем Каниэля Оутиса. Поскольку Йемен охвачен боевыми действиями, Линкольн Барроуз и Бенджамин Франклин принимают решение отправиться в опасное путешествие, чтобы вызволить Скофилда из тюрьмы. Тем временем Сара ведет беззаботный образ жизни в США, но в скором времени на нее начинают охотиться агенты оперативника, который известен как Посейдон — безжалостный мужчина, ответственный за исчезновение Майкла…