DeepStar Six – экспериментальная глубоководная военно-морская база с экипажем из 11 человек. Проект возглавляет д-р Ван Гелдер, отвечающий за методы колонизации, он наблюдает за установкой новой платформы хранения ядерных ракет. Вскоре заканчивается срок его пребывания на посту, но планы оказываются под угрозой, когда геолог Бурджага обнаруживает систему пещер. Ван Гелдер приказал использовать глубинные заряды, чтобы разрушить пещеру, приводя в состояние шока доктора Скарпелли, который хочет изучить ее экосистему.Детонация после взрыва разрушает часть морского дна, образуя массивную трещину на дне океана. Пилоты подводной лодки Осборн и Ходжес отправляют беспилотный зонд, чтобы исследовать разрушения. После обнаружения зонда они атакованы неизвестной силой. Капитан Лайдлав и пилот подводной лодки Макбрайд попытаются спастись, вот только удастся ли им это сделать, и чем же на самом деле им пришлось столкнуться...