После невероятных событий, произошедших в Фуюки во время Третьей войны за Грааль таинственный клан магов Иггдмилленния похищает священную реликвию, без которой проведение дальнейших ритуалов оказывается невозможным. На протяжении нескольких десятков лет Иггдмилленния готовились к проведению собственной войны магов, чтобы подтвердить своё право на владение могущественным артефактом. В ходе подготовки они не только изменили название состязания на "Великая Битва за Грааль", но и внесли существенные коррективы в правила жестокой игры. Согласно новым правилам, теперь битва за обладание священной реликвией должна будет проходить в два этапа. В первом этапе должны будут сразиться две команды, Черных и Красных, мастера которых управляют семью равноценными по классам слугами. Второй этап, который и должен будет определить победителя, столкнёт в смертельной схватке выживших участников победившей стороны. При этом сам Грааль призывает в мир еще одного слугу, наделённого безграничными божественными способностями, который призван беспристрастно наблюдать за ходом событий.