С момента победы Кодзи и его друзей над злобным Доктором Хеллом прошло больше 10 лет. Главный герой уже давно решил пойти по стопам своего отца и стал прославленным ученым. Во время проведения очередных исследований Кодзи обнаруживает странную форму жизни, до сего момента мирно дремавшую под горой Фудзи. Молодой человек, сам того не понимая, пробуждает ото сна еще более серьезную угрозу, которая способна уничтожить весь мир. Судьба человечества вновь находится в механических руках Мадзингера Зэда, которым управляет смелый и не растерявший навыков боец Кодзи Кабуто.