С момента возвращения крейсера Ямато с планеты Искандар прошло 3 года. За это время многое изменилось: Земля восстановилась после противостояния, обзавелась более мощным военным флотом и даже подписала мирный договор с Гармиллами. Однако все прошлые усилия команды крейсера Ямато по достижению долгожданного равновесия оказались напрасны, так как Земля вновь движется по военному пути. Над колыбелью человечества и всей остальной галактикой нависает новая угроза, с которой, как и ранее, предстоит справляться группе главных героев повествования.