Представленный мультфильм, состоящий из четырех частей, продолжает историю Шейна, который возвращается в родные края после длительного отсутствия. Прошлое приключение закончилось, но теперь главного героя и его друзей ожидает очередное сложное испытание. Члены Клана Тени угрожают уничтожить все, что так дорого Шейну. Оказалось, что последние воспользовались отсутствием героя и решили установить свои порядки в 99 пещерах. Ребятам вновь придется столкнуться с опасностью и защитить тех, кого они считают самыми близкими.