Человечество разделилось на две основные стороны, развязавшие войну: Координаторы и Натуральные. Первые смогли стать сильнее, умнее и ловчее простого человека в результате искусственных манипуляций с организмом, а вторые были обычными людьми. В результате противостояния Координаторы были вынуждены покинуть Землю и воевать в ограниченных по ресурсам условиях. Основной сюжет аниме начинается с того, что нейтральную колонию Генополис атакует армия Колонизаторов. Их цель – похитить современные доспехи Гандам, которые здесь создавались землянами, но атакующие встретят здесь неожиданное сопротивление.