Когда на преступников Готэм-Сити нападают таинственные существа, похожие на огромных черепах, Бэтмен вместе со своими верными союзниками решает разыскать и остановить незваных гостей, принимая их за новых злодеев. Но вскоре выясняется, что чужаки на его стороне, ведь они – легендарные Черепашки-ниндя, которые, как и сам Брюс Уэйн, являются борцами со злом. Лео, Раф, Майки, и Донни прибыли в Готэм-Сити с целью помешать гнусным планам Шреддера, заключившего союз с Ра'с аль Гулом. Для того чтобы повысить шансы на победу, Черепашкам придется последовать примеру своего противника и объединиться с Бэтменом и его командой.