Действие происходит в далеком будущем, в котором Земля была захвачена беспощадными Иллюмидианцами – гуманоидными пришельцами, разрушающими, уничтожающими или порабощающими практически любую встретившуюся у них на пути обитаемую планету. После того как новое правительство Земли объявило отважного капитана Харлока и его верных товарищей преступниками, те были вынуждены бежать в космос. Путешествуя по галактике и борясь с несправедливостью, они надеются, что однажды сумеют покончить с тиранией Иллюмидианцев и вернуть человечеству свободу.