Пятая война за Святой Грааль продолжается, а последовавший за ней хаос вызывает разрушительные последствия для ее участников. После исчезновения Сэйбер, Эмия Сиро продолжает отважно сражаться, но вскоре он вынужден отправиться на поиски правды, скрывающейся за таинственной темной тенью и серией убийств. В то же время Синдзи Мато приводит в действие собственные мерзкие затеи, отчаянно желая навредить Сиро через Сакуру Мато, свою сводную сестру. Чтобы избавить Сакуру от непрекращающихся издевательств брата, Сиро и Рин Тусака вступают в сражение с Синдзи…