Вскоре после своего рождения в Нью-Йорке мальчик-аллигатор Арло попадает в канализацию, откуда его уносит течением в океан, а затем далеко на юг в болотистую местность. Проживающая в одинокой хижине добродушная женщина по имени Эдми забирает необычного младенца себе домой, о котором начинает заботиться как о родном сыне. На пятнадцатый день рождения Арло, пытающийся выяснить тайну своего происхождения, отправляется в Нью-Йорк, встречая по пути множество колоритных персонажей. По следу главного героя идут двое охотников на аллигаторов, которые хотят поймать его для своего туристического аттракциона на болоте.