Сюжет продолжает следить за приключениями бесстрашных черепашек-ниндзя, живущих на заброшенной станции метро Нью-Йорка, которые под предводительством своего учителя, крысы по имени Сплинтер, сражаются с силами зла, в том числе с жестоким Шреддером и его кланом Фут. Ключевым нововведением сериала является пятая черепашка-мутант «Венера Милосская», которая была разлучена со своими четырьмя братьями и на протяжении 17 лет провела в китайском квартале, где ее отцом и наставником выступал учитель Чанг Ай. Наконец воссоединившись, пятерка главных героев противостоит как старым, так и новым противникам, включая могущественного Повелителя драконов.