События разворачиваются спустя 12 лет после восстания Чара, в результате чего Земная Федерация идет на сближение с Республикой Зион, но ситуация в мире все еще остается напряженной. Хэтэуэй Ноа, сын Брайта, знаменитого ветерана войны, примыкает к правительственной организации «Мафти», совершая ряд террористических атак на экспериментальном RX-105 Gundam. Чтобы его остановить, правительство создает целевую группу под названием Цирце, которую возглавляет Лэйн Эм, имеющий в своем распоряжении новый мобильный костюм RX-104FF Penelope.