Тысячу лет назад неуязвимая и беспощадная раса, известная как Гауна, полностью уничтожила не только Землю, но и Солнечную систему. Выжившие люди были вынуждены покинуть Землю на инновационных шаттлах «Сидония», благодаря которым удалось сохранить остатки человеческой расы. Теперь люди путешествуют по Вселенной, попутно вступая в сражения с преследующими их Гаунами. Нагатэ Таникадзэ родился на космическом корабле, а теперь он занимается обучением пилотированию, чтобы защищать шаттлы от нападений врага. Ведя отчаянную борьбу за выживание человечества, Нагатэ и его коллеги постоянно рискуют жизнью, сражаясь с Гауна...