В 2044 году во всем мире происходит непредвиденная экономическая катастрофа, которая обесценивает бумажные и электронные деньги. Чтобы справиться с хаосом и массовыми беспорядками, мировые державы вовлекаются в состояние так называемой «устойчивой войны». Мотоко Кусанаги, Бато и другие члены Девятого отдела полиции становятся участниками тактического отряда «Призрак», выполняя боевые миссии в самых горячих точках планеты. Во время одного из заданий главным героям приходится столкнуться с невиданной доселе угрозой — постчеловеком, чьи сила и интеллект многократно превосходят любые кибер-технологии.