Подводный рай Пепперлэнд, находящийся на глубине 80 тысяч лье под водой, населен любителями музыки, живущими в мире и гармонии. Спокойствию идиллического мира угрожает агрессивное нападение «Голубых существ», ненавидящих все, что связано с музыкой и красотой. Стремительная атака «Голубых существ» приводит к тому, что жители подводного рая оказываются заморожены, а их искусство и природная красота подвергаются уничтожению. Капитану Фреду чудом удается избежать столкновения с агрессивными захватчиками, и он отправляется на Желтой подводной лодки в мир людей, чтобы обратиться за помощью. Прибыв в Ливерпуль, Фред внезапно осознает, что для спасения Пепперлэнда он должен убедить культовую музыкальную группу «The Beatles» отправиться навстречу подводным приключениям.