События разворачиваются на планете Фридом, которая разделена на Небесные Земли, витающие в облаках, и Темные, представляющие собой руины человеческой цивилизации. Ежик Соник и его помощники ехидна Наклз и лисенок Тейлз вынуждены спуститься в Темные Земли, чтобы спасти президента и его молодую дочь, захваченных злым доктором Эггманом. Там главные герои сталкиваются с множеством опасностей и вступают в бой с гигантским роботом, которого побеждают, но главная угроза еще впереди. Доктор Эггман копирует ДНК Соника, чтобы воссоздать в металле его злую копию.