События происходят в стране Аместрис и продолжают следить за судьбой братьев Эдварда и Альфонса Элрик, увлекающихся алхимией, которые в попытке вернуть к жизни свою мать были вынуждены дорого заплатить за неудавшийся эксперимент: первый лишился двух конечностей, заменив их на автоматизированные протезы, а второй и вовсе стал бестелесной душой, помещенной в металлический доспех. В финальном эпизоде главные герои сталкиваются лицом к лицу с могущественной потусторонней опасностью, которая угрожает существованию всей страны.