Пугающие живые корабли быстро уничтожают ВМФ самых ведущих государств, однако на помощь небольшой Японии приходят духи Императорских кораблей, которые вселяются в главных героинь фильма. Одна из ночных битв заканчивается победой Фубуки, Юдачи и Муцуки, но происходит странное: по окончании сражения на поверхности показывается чудом выжившая Кисараги, затопленная в одной из предыдущих баталий. Кроме этого, в морских водах распространяется вещество непонятного происхождения, убивающее все на своем пути. Теперь девушки должны в очередной раз спасти все то, что им дорого, и защитить свою страну.