Иттоки Сакураба, живущий с матерью-одиночкой, считает себя обыкновенным школьником, который прилежно учится и посещает внеклассные занятия. Все резко меняется, когда его пытается соблазнить, а затем убить красивая девушка Сатоми Цубаки, которая в действительности является членом смертоносного клана Кога. Юноша чудом избегает гибели и узнает от своей матери правду, что он – 19-й наследник почтенного рода ниндзя Ига. Главному герою приходится принять свою судьбу и поступить в специальную академию ниндзя, чтобы научиться постоять за себя.