Mystery Inc. удалось выследить и схватить Коко Дьябло — главу печально известного преступного синдиката костюмированных бандитов. Проходит год, преступники исчезли с улиц фантастического городка Кулсвиль, а Скуби-Ду и его напарники начинают проявлять беспокойство, поскольку жизнь без расследований скучна и пресна. Неожиданное появление могущественного злодея Нефарио, угрожающего испортить Хэллоуин, возвращает Mystery Inc. в природную стихию. Они пытаются выявить слабые стороны злобного преступника, чтобы найти способ обезвредить Нефарио и спасти Хэллоуин, но сталкиваются со значительными трудностями.