В недалеком будущем в Японии начинает свою работу правительственный проект «Ковчег», который предусматривает повсеместное использование роботов, заменяющих человеческий труд. Руководит всеми разработками гений в области робототехники Комедзи Нобухико, сумевший создать революционный искусственный интеллект и внедрить его в андроида Кикайдера. Когда Комедзи загадочным образом умирает, а его дети становятся мишенью злобного министра обороны, Кикайдер приходит им на защиту и вступает в борьбу с проектом «Ковчег».