Сюжет фильма разворачивается в 2068 году, когда экипаж космического корабля Zero-Х во время исследования поверхности Марса случайно стал причиной начала кровопролитной войны: космонавты ошибочно уничтожили одно из устройств наблюдения марсиан, приняв его за оружие. Разъяренные нападением Мистероны начинают полномасштабную атаку на землян, успешно применяя навыки контроля над материей, создавая и уничтожая любые необходимые предметы. И только Капитану Скарлет, лучшему агенту организации «Спектрум» может быть под силу отразить вторжение пришельцев.