В центре сюжета — Матильда Вормвуд, развитая не по годам девочка-вундеркинд, которая сталкивается с полным равнодушием со стороны своих родителей, не замечающих ее способностей в обучении и стремления быть самостоятельной. В школе она демонстрирует повышенную успеваемость и становится любимицей у молодой учительницы Дженнифер Хани, которая хочет перевести ее в более старший класс. Дружный тандем доброй школьной учительницы и Матильды оказывается не по нраву деспотичной директрисе, мисс Агате Транчбулл, любящей подвергать непослушных учеников самым изощренным наказаниям.