Проходит некоторое время, с тех пор как пиратский корабль Гектора Мушкетона «пришвартовался» среди домов в прибрежном городке в Голландии. Не без труда эксцентричному капитану и его команде удалось влиться в современное общество и найти общий язык с соседями. Все меняется, когда в городке объявляется сбежавшая из Японии семья ниндзя, скрывающаяся от опасности. Так как ниндзя являются злейшими врагами пиратов, Гектор Мушкетон пытается избавиться от нежелательных соседей. Тем временем его сын Билли заводит тайную дружбу с девочкой из вражеской семьи Юкой Катаной.