События происходят спустя 15 лет после беспрецедентной катастрофы, которая почти уничтожила человеческую цивилизацию. Девочка Токио и ее подруга Мимихимэ, сколько себя помнят, проживают внутри стен безопасного убежища, где посещают школу, укомплектованную учителями-роботами. После прохождения нетипичного школьного теста они хотят выяснить, что находится снаружи стен. Параллельно с этим рассказывается история подростка Мару и его взрослой спутницы Кируко, которые путешествуют по постапокалиптическим пустошам Японии, наполненным множеством смертельных опасностей. В попытках отыскать «Эдем» их судьбы оказываются переплетены с Токио, стремящейся попасть наружу.