Действие разворачивается спустя короткий промежуток времени после окончания Четвертой мировой войны. В Ньюпорт-Сити происходит подрыв мощной бомбы, жертвой которой становится влиятельный торговец оружием. К расследованию масштабного преступления приступает Мотоко Кусанаги — талантливая женщина-хакер, которая обладает искусственным телом и выдающимися навыками. Однако порученная ей миссия оказывается необычайно сложной, поскольку Мотоко предстоит вступить в противостояние не только с людьми, которые хотят любой ценой помешать расследованию, но и болезненными воспоминаниями о событиях прошлого.