Освободившись от работы на могущественную организацию, женщина-хакер Мотоко Кусанаги начинает сотрудничать с Арамаки. Тем временем Казуя Сога, наконец, будет привлечен к ответственности за его злодеяния во время Кардистанской войны, и бывшему солдату грозит смертная казнь. На фоне попыток Сога получить доказательства собственной невиновности, которые ему должен предоставить Бато, тайная организация совершает взлом систем государственной безопасности, что приводит к опасным последствиям. Бато оказывается вовлеченным в расследование взлома, а затем к делу проявляет интерес Касунаги, которая собирает смертоносную команду, чтобы пресечь распространение хаоса в городе…