Террористическая организация, известная по специальному символу Сцилла, продолжает свою преступную деятельность, которая несет угрозу огромному количеству людей. Кусанаги и Бато проводят масштабное расследование, стремясь найти способ остановить преступную группировку, прежде чем ее члены нанесут очередной удар. Во время расследования Бато начинает подозревать Мотоко в незаконной деятельности, а детектив полиции префектуры Ниихама Тогуса работает над делом об убийстве человека, чей протез ноги изготовлен крупной корпорацией...