Человек, который потенциально может быть таинственным создателем вируса «Поджигатель», поражающего мозги киборгов, прибывает в Японию. Его основная цель — использовать вирус для уничтожения пассажирского лайнера, что нанесет непоправимый ущерб местной авиакомпании. Майор-хакер Мотоко Кусанаги и члены ее команды устраивают масштабную ловушку, чтобы выйти на след создателя вируса «Поджигатель». По мере того как события продолжают развиваться, Мотоко постепенно начинает осознавать, что преследуемый ее командой человек может быть лишь очередной пешкой в руках настоящего создателя вируса.