15 лет назад эксперименты Стокмана привели к попаданию мутагена в городскую канализацию Нью-Йорка, где впоследствии мастер боевых искусств Сплинтер стал приемным отцом для четырех черепашек-мутантов. Теперь братья-черепашки возмужали, обрели опыт в боевых искусствах и стремятся выбраться из канализации, чтобы стать частью верхнего мира и взаимодействовать с людьми на равных. Однажды черепашки знакомятся с амбициозной студенткой-журналистской Эйприл О’Нил и решают стать борцами с преступностью на улицах мегаполиса, чье существование оказывается под угрозой из-за коварных планов Суперфлая — жуткого создания Стокмана и лидера банды мутантов.