После таинственного исчезновения членов команды Лиги справедливости Лоис Лейн и Джимми Олсон, преследуемые мрачным существом, решают заручиться поддержкой Mystery Inc. Направляясь в Метрополис, Скуби-Ду и его верные друзья выясняют, что мегаполис наводнен влиятельными суперзлодеями, которые почувствовали свободу, когда Лига справедливости перестала представлять опасность для их деятельности. Решив расследовать тайну исчезновения Лиги справедливости, любознательный Скуби-Ду и банда отправляются навстречу очередным приключениям, в которых их преданным соратником становится суперпес Крипто.