После разрушительного возвращения Годзиллы начинается гонка заинтересованных в сборе его клеток, а японское правительство ставит перед собой задачу разработать биологическое оружие против монстра, чтобы защитить человечество, если чудовищу удастся выбраться из своей вулканической гробницы. Тем временем ученый Геничиро Ширагами объединяет генетический код Годзиллы и обычной розы с клетками умершей родной дочери, что в результате приводит к появлению на свет Биолланте — жуткого растения титанических размеров. Чудовищная мутация угрожает благополучию человечества, но вырвавшийся из заточения Годзилла вступает в смертельную схватку с Биолланте.