Учительница Кейт Ранда, травмированная безжалостным нападением Годзиллы на Сан-Франциско, начинает собирать осколки собственной жизни после трагического инцидента, унесшего жизни ее близких людей, и смерти родного отца. Теперь, через год после уничтожения Сан-Франциско, Кейт отправляется в Токио, где находится резиденция ее папы. Стремясь окончательно уладить семейные дела, героиня внезапно встречает своего сводного брата Кентаро, о существовании которого она не подозревала. Вместе брат и сестра обнаруживают секретные документы таинственной организации «Монарх», ведущие Кейт и Кентаро к раскрытию правды о деятельности их родного отца.