На изолированный остров в Тихом океане обрушился мощный тайфун, из-за которого огромное яйцо Мотры оказалось в открытом океане, а затем его выловили у берегов Японии. Вскоре яйцо попало в руки алчного Кумаямы, и при поддержке властного бизнесмена Дзиро Торахаты он намерен использовать его в коммерческих целях. Пока журналисты Ичиро Сакаи и Джунко Наканиши пытаются сделать все возможное, чтобы вернуть яйцо Мотре, пробуждается Годзилла, который направляется в сторону Нагои, сея хаос и разрушения. Единственной надеждой Японии на спасение оказываются Мотра и ее невылупившийся потомок…