«Эко-Пират» рассказывает историю человека, которому предстоит спасти планету и ее океаны. В фильме рассказывается о профессиональном радикальном экологе капитане Поле Уотсоне, который неоднократно попирает закон, чтобы задержать тех, кого он считает более серьезными нарушителями закона: незаконных браконьеров во всем мире.