Япония в сотрудничестве с Соединенными Штатами тайно разрабатывает атомную подводную лодку нового поколения «Сибат». Капитан Сиро Кайэда внезапно поднимает мятеж: он объявляет субмарину независимым государством под названием Ямато, а себя провозглашает верховным главнокомандующим, что приводит к глобальному геополитическому кризису. Морские силы самообороны Японии поручают Хироши Фукамачи, командиру дизельной подводной лодки «Тацунами», найти и перехватить «Сибат» раньше, чем это сделает американский флот.