В прошлом Джо Логан был активным членом могущественного клана ниндзя, однако решил покончить с преступной деятельностью, чтобы вести законопослушный образ жизни в сельском регионе Америки. Вот только спустя некоторое время тёмное прошлое настигает его: он и его семья становятся целями беспощадных убийц, устроивших охоту на Джо из-за его предательства. Чудом оставшись в живых, Логан возвращается на путь ниндзя, стремясь не только уничтожить убийц его родных людей, но и разрушить клан, который он когда-то лично создал.