События разворачиваются в мире, где в избранных девушках живут духи японских военных кораблей и субмарин времен Второй мировой войны. Все они находятся в постоянной боевой готовности, поскольку Родине угрожает могущественный враг, прозванный Флотом глубинного моря. Главной героиней истории является девушка-эсминец по имени Фубуки, которая только недавно приступила к службе. Несмотря на неопытность и робкий характер она присоединяется к знаменитой Третьей торпедной эскадрилье и сразу же бросается в самую гущу сражений.