Незадолго до завершения Второй мировой войны пилот-камикадзе Коити Сикишима делает посадку на базе военно-воздушных сил Японии, расположенной на острове Одо. Этой же ночью на гарнизон нападает Годзилла, а ведущий механик Сосаку Тачибана и Сикишима оказываются единственными выжившими. Вернувшись в Токио, пилот-камикадзе узнает, что его семья погибла в результате разрушительного взрыва, начинает поддерживать ребенка-сироту, чьи родители также стали жертвами бомбардировок, и устраивается на работу на тральщик, обезвреживающий морские мины времен Второй мировой войны. Спустя два года Сикишима и команда тральщика получает опасное задание остановить мутировавшегося Годзиллу, приближающегося к Японии…