Действие разворачивается спустя два месяца после того, как черепашки-ниндзя героически спасли Нью-Йорк от мутанта, принявшего форму гигантского кайдзю. Главные герои ведут размеренный образ жизни в нью-йоркской канализации, но все меняется, когда братья вынуждены разделиться и вступить в противостояние с беспощадным злодеем по имени Бишоп, который использует армию роботов для реализации своих коварных планов. Столкнувшись с серьезной угрозой, черепашки-ниндзя должны найти способ того, как воссоединиться, чтобы победить Бишопа...