События разворачиваются в древней Японии и вращаются вокруг шестерых юных ниндзя по имени Хиро, Сузуме, Футо, а также Тора, Сюн и Куноичи, которые под предводительством пожилого наставника постигают тайные знания великих мастеров прошлого. Проживая в храме посреди живописного леса, они изучают основы маскировки, осваивают разные стили боевых искусств, учатся работать в команде и защищать слабых. В большинстве своих приключений главные герои противостоят безжалостному военачальнику Ашиде и его заносчивой внучке Шоко.